Қазақ көз аурулары ғылыми-зерттеу институтының Шымкент қаласындағы филиалы ҚазКҒЗИ офтальмологиялық кластерінің бір бөлігі болып табылады және Шымкент қаласы мен өңір тұрғындарына мамандандырылған офтальмологиялық көмектің қолжетімділігін қамтамасыз етеді. Клиникада көру мүшесі ауруларын диагностикалау, консультациялық қабылдау және әртүрлі офтальмологиялық аурулары бар пациенттерді емдеу жүргізіледі. Филиалдың жұмысы Қазақ көз аурулары ғылыми-зерттеу институтының клиникалық және ғылыми тәжірибесіне негізделген. 2021 жылы филиал қызметін кеңейту және өңір тұрғындарының қажеттіліктерін қамтамасыз ету мақсатында жаңа заманауи клиника дайындалды. Клиниканың ашылуы аясында «Офтальмологияның өзекті мәселелері» атты ғылыми-практикалық конференция өткізілді. Шымкенттегі филиал көз ауруларын диагностикалау мен емдеудің заманауи тәсілдерін дамытып, Алматы және Астана қалаларындағы клиникалармен бірге ҚазКҒЗИ-дің бірыңғай жүйесінің құрамына кіреді.