ҚазКҒЗИ-дің Астана қаласындағы филиалы 2010 жылдан бері жұмыс істейді және Қазақ көз аурулары ғылыми-зерттеу институтының құрамына кіреді. Филиалдың ашылуы елорда мен Қазақстанның басқа өңірлерінің тұрғындары үшін мамандандырылған офтальмологиялық көмектің қолжетімділігін арттыруға мүмкіндік берді. 2015 жылы филиал Жеңіс даңғылы, 16/1 мекенжайындағы жеке ғимаратына көшті. Клиниканың кеңеюі офтальмологиялық көмектің жаңа бағыттарын, соның ішінде витреоретиналдық хирургия мен балалар офтальмологиясын дамытуға мүмкіндік берді.